Al lado de la Iglesia de Nuestra Señora de Brujas se encuentra el Hospital de San Juan, uno de los hospitales más antiguos de toda Europa. Construido en el siglo XII, fue llevado a manos de los hermanos y hermanas. En la actualidad funciona como museo y sala de conferencias dado que en 1978 fue construido un Hospital general en la ciudad.
Esta institución era poseedora de numerosos posesiones tanto dentro, como fuera de Brujas, en el interior del museo podemos apreciar varios mapas con las tierras que pertenecían al hospital.
Algo que se intenta mostrar en el museo es el modo de vida que había dentro del museo y la manera que tenían las hermanas y hermanos de llevarlo. Inicialmente el hospital servia para dar cobijo y alimento a peregrinos y transeúntes, aunque posteriormente fueron aceptadas también personas enfermas que buscaban un lugar donde pasar sus últimos días.
La vestimenta de las hermanas consistía en un hábito y tenían la obligación de respetar los votos, al igual que cualquier otra orden religiosa.
En una de las obras más importante del museo se puede apreciar el modo de trabajo del hospital en el siglo XIX. En ella vemos como los enfermos tenían sus propios cubículos donde eran tratados por las hermanas enfermeras. De hecho, dentro del museo hay varias pantallas interactivas que nos explican con todo detalle cómo era llevado el hospital en aquellos años.
Para aquellos enfermos que no tenían fuerzas suficientes para llegar por su propio pie, el hospital tenía un tipo de silla de manos que eran acarreadas por dos personas y en las que se transportaban a los pacientes de un lugar a otro.
A parte podemos observar los instrumentos que se utilizaban en esa época para fines quirúrgicos u odontológicos, así como cuadros en los que aparecen los médicos del hospital operando o incluso tratando con cadáveres.
Una vez los enfermos fallecían les enterraban en sus pertinentes tumbas, del as cuales se muestran algunos restos en el interior del museo. Las lápidas contienen grabados e ilustraciones y parece sorprendente como se han podido mantener tan bien a lo largo de los años suponiendo que estaban expuestas al aire libre.
Numerosos pintores importantes dieron sus obras de arte al hospital de San Juan, de hecho su colección de pinturas es de un valor incalculable. Podemos encontrar pinturas como la Lamentación con retratos de hermanas de Jacob van Oost el viejo y el joven y otras obras de caracter religioso.
En la antigua capilla tienen varias obras del siglo XV donadas por el Primitivo Flamenco Hans Memling, de las cuales destaca el Santuario de Santa Úrsula.
